1993年起在《南华早报》工作，期间研究中国环境问题，完成《中国水危机》一书并于1999年底由中国环境科学出版社出版。2002年加入博信环境咨询公司，协助大型品牌制定在华供货链企业社会责任标准和评价体系。2004年入选耶鲁大学世界学人项目（Yale World Fellows Program），访学其间对中国与西方环境管理体制作比较性研究。2006年被评为绿色中国年度人物，并入选《时代周刊》最具影响100人。

2006年，马军建立非营利机构公众环境研究中心，并于当年主持开发完成中国首个环境公益数据库“中国水污染地图”。2007年公众环境研究中心与20家NGO共同发起绿色选择倡议，推动大型品牌绿化在华供应链，撬动数以百计的供应商做出整改。2009年主持开发污染源信息公开指数（PITI）并连续6年发布重点城市信息公开评价报告。2013年公众环境研究中心与25机构共同发起污染源信息全面公开倡议，推动在线监测数据实时公开。2014年，主持开发蔚蓝地图APP，协助公众通过“微举报”，推动上百家重点污染源对其超标排放行为作出整改。